「下町ロケット」の続編。佃製作所が、心臓弁膜症などで苦しむ多くの患者たちの命を救う人工弁開発、「ガウディ計画」に挑戦する。立ちはだかる欲と野心にとりつかれた傲慢な男たち。小さき者を踏みつぶそうとする正気を失った者たち。
開発をめざすのは、人工心臓と人工弁の2つ。焦点は人工弁となるが、血栓を取り除く難題に、佃製作所のロケットエンジン内の異物を粉砕するシュレッダー技術の応用に気付く。佃航平の「スマートにやろうと思うなよ。泥臭くやれ。頭のいい奴ってのは、手を汚さず、綺麗にやろうとしすぎるキライがあるが、それじゃ、ダメだ」という声が響く。帝国重工の石坂一派、サヤマ製作所の椎名社長ら、日本クラインの久坂製造部長ら、アジア医科大の貴船外科部長らの邪智・策謀に、佃製作所、北陸医科大学の一村教授、福井市の零細企業サクラダ等が挑む。