本好きや本の蒐集家が集まる"本の町"の読長町。その書店街の核心となるのが御倉館。書物の蒐集家で街の名士であった御倉嘉市を曾祖父に持つ高校生の御倉深冬が主人公。嘉市の娘・御倉たまきも優れた蒐集家であったが、所蔵の書約200冊が書架から消え去る"事件"に激昂し、館を閉館し、一族以外は誰ひとり立ち入りも、本の貸し出しもできなくなった。たまきが息を引き取った後、「愛する本を守ろうとして、読長町と縁の深い狐神に頼んで、25万9122冊という膨大な書物一つひとつに"魔術"をかけた」という噂が流れた。たまきの子である御倉あゆむ(深冬の父)と叔母ひるねが現在の御倉館を管理している。そんなある日、御倉館から蔵書が盗まれる。御倉館にとっては大事件。しかも館内にいてほとんど眠り続けるひるねの手に「この本を盗む者は、魔術的現実主義の旗に追われる」と書かれた紙を発見する。御札とも護符ともいえるものだ。魔術的現実主義のブック・カース。物語を盗んだ者は、物語の檻に閉じ込められる。魔術的現実主義の世界に、泥棒が閉じ込められるという呪いは、街自体を一変させてしまう。
次々に蔵書が盗まれる。その都度、街は一変し、人ひとりいないという場面まで生ずる。「この本を盗む者は、固ゆで玉子に閉じ込められる」(固ゆで玉子のハードボイルドの街に)、「この本を盗む者は・・・・・・幻想と蒸気の靄(もや)に包まれる」(巨大ゲートを構えた工場街、銀の獣の世界)、「この本を盗む者は、寂しい街に取り残される」(人が忽然と姿を消す『人ぎらいの街』)。まさに驚天動地、本の世界が街を一変させて深冬に迫ってくるのだ。
深冬を助ける不思議な少女・真白とともに、"本嫌い"であった深冬は、祖母の"呪い"の真実、本が好きだった頃のことにたどり着く。