「祖父さまが草原をわがものにしていったように、俺は海をわがものにしたい」「俺は水軍を作るぞ、竜夏以、まず造船所をな。その方面の人間を選ぶ。時がかかるだろうが、何十艘もの船隊を、海に並べてみたい。海のむこうにあるものも、見てみたい」とクビライが語るところで、この第三巻が終わる。蒙古襲来への布陣が着々と敷かれようとしていた。一方、北条時頼は執権を辞し、最明寺入道と呼ばれる身になったが、「国を守る」意志は全く変わらない。特に次を託す時宗を厳しく訓練する。さらに大モンゴル国、高麗、南宋の動きに目を凝らしつつ、水軍を作り上げ、日本各地の水軍等と連携を取りまとめ上げようとする。
皇帝モンケが戦場で急死、クビライは帝位を主張する弟のアリクブケと争い、最初の戦いで一方的勝利を果たし帝位を決定的なものにする。アリクブケは戦いをあきらめないが、クビライは戦いのたびにこれを殲滅。中原に残る漢人の軍閥をも攻略、南宋に再び攻め入ろうとする。「南船北馬」の通り、南宋全土には、網の目のように大小の水路がある。陸の大軍とともに、クビライは水軍による海からの攻撃の準備を強力に進める。南宋は丞相・買似道、将軍・孟宣らが堅牢な布陣を敷こうとする。激突の時が近づいていく。
最明寺入道・時頼は、国を守る使命感をさらに奮い立たせる。幼い時宗を長い旅に出して、自らも様々な人間に会う。夏島では造船が進み、妻の葛西が独自に開いた交易の道も藤乃、今福船隊の働きで太くなってきている。時宗は密かに鎌倉を出て、津軽の十三湊、そしてウラジオ(速頻路)へ向かう。安達泰盛、梶原水軍の野入左近、松浦党の佐志タケル、商人として働く仙多が加わる。
高麗は大モンゴル国による熾烈な圧力にさらされていた。高麗の南岸の島々と珍島と巨済島･･････。風の王・波瀬祐佳を筆頭に一族は懸命に守り抜こうと結束して戦い勝つ。
それぞれが自分の存在をかけて戦い、やがて来る決戦へ備えていくのだった。
